В настоящее время научно-исследовательская работа в Музее ведется в рамках реализации Концепции развития Музея Первого Президента Республики Казахстан на 2013-2015 гг., которая является логическим продолжением всех инициатив Музея, отражающих современные актуальные направления музейной работы.
      Научно-исследовательская деятельность осуществляется в следующих формах:
I. Фундаментальные и мониторинговые исследования, направленные на отражение исторической роли Первого Президента Республики Казахстан – Лидера Нации Н. А. Назарбаева в становлении и развитии независимого государства.
II. Анализ, атрибуция, научное описание и систематизация музейных предметов, их паспортизация и каталогизация.
III. Подготовка к публикации монографий, научных статей, историографических и библиографических обзоров, альбомов, буклетов и других изданий.
IV. Разработка концепций, тематических структур, тематико-экспозиционных планов, экспозиционных сценариев.
V. Подготовка научных докладов по научно-исследовательской работе Музея и выступления с научными докладами и сообщениями на республиканских и международных научных конференциях, семинарах и других научных проектах по вопросам истории Казахстана и музееведения.
VI. Разработка научно-методических материалов в области музейного дела, в том числе методических разработок по научно-просветительной работе (экскурсионной, лекционной и др.) и музейной педагогике, просветительных и образовательных программ, циклов музейных мероприятий и т.д.
Задачами научно-исследовательской деятельности в Музее являются:
• дальнейшее исследование основных итогов и закономерностей развития республики за годы независимости, биографии и исторической роли Первого Президента Республики Казахстан – Лидера Нации Н. А. Назарбаева в укреплении независимого государства;
• совершенствование научно обоснованной методологии освещения событий новейшей истории;
• поиск, введение в научный оборот, пропаганда и обеспечение широкого доступа к результатам исследований.