Одним из важнейших направлений научно-исследовательской деятельности Музея является научное проектирование экспозиций, отражающих историческую роль Н. А. Назарбаева.

Основные экспозиции Музея Первого Президента Республики Казахстан выстроены по итогам реализации Концепции развития музея 2007-2009 гг., которое предусматривало следующее планирование музея:
2 этаж:
1. Холл. Экспозиция «Независимый Казахстан (1985-1991 гг.)».
3 этаж:
2. Холл. Экспозиция «Государственные символы Республики Казахстан»,
3.Холл приемной. Экспозиция «Атамекен»,
4. Приемная. Экспозиция «Трудовая биография Н. А. Назарбаева»,
5. Рабочий кабинет. Экспозиция «Институт Президентства в Республике Казахстан»,
6. Зал заседаний. Экспозиция «Республика Казахстан: становление государства и определение стратегии развития (1992-2005гг.)»,
7. Золотой зал. Экспозиция «Казахстан и мировое сообщество»,
8. Зал официальных церемоний (Серебряный зал). Экспозиция «Награда Президенту – признательность народу»,
9. Холл. Экспозиция «Общественное признание заслуг Н. А. Назарбаева»,
10. Холл. Экспозиция «Роль Н. А. Назарбаева в обеспечении национальной, региональной и глобальной безопасности»,
11. Зал заседаний Совета безопасности. Экспозиция «Коллекция оружия».
4 этаж:
12. Купольный зал. Экспозиция «Стратегия вхождения Казахстана в число 50-ти наиболее конкурентоспособных стран мира»,
13. Фойе. Экспозиция «Подарки Президенту Республики Казахстан».

В настоящее время основная деятельность Музея по научному проектированию нацелена на:
- обеспечение оперативного обновления материалов экспозиций и проведение реэкспозиций;
- создание методических трудов по исследованию и пропаганде достижений независимого Казахстана;
      Тематические экспозиции будут совершенствоваться и систематически дополняться актуальной общественно-политической информацией, уникальными экспонатами, подарками от глав государств и правительств, высшими государственными наградами, врученному Президенту.