2007 жылдан бастап Музейде тарихи кезеңдерде Қазақстан Республикасының қалыптасуы мен дамуындағы Қазақстан Республикасы Тұңғыш Президентінің қызметі туралы ғылыми зерттеулер жоспарланып, ұйымдастырылатын және өтікізілетін іс-шаралар ғылыми бағдарламалардың аясында әзірленеді және жүзеге асырылады.

      «Егемен мемлекеттің қалыптасуы мен дамуындағы Қазақстан Республикасы Тұңғыш Президентінің саяси бастамалары» (2007-2009 жж.), «Тұңғыш Президент және тәуелсіз Қазақстанның одан әрі дамуы»                (2010-2012 жж.), «Қазақстан Республикасының Тұңғыш Президенті – Елбасы Н. Ә. Назарбаев: өмірбаяны, бастамалары және саяси ұстанымы» (2013-2015 жж.) ғылыми бағдарламалары түбегейлі және қолданбалы зерттеулер жүйесін құруға тиіс болды.

      Бүгінгі уақытта Қазақстан Республикасы Тұңғыш Президенті Музейінде Музей қызметінің бағытына тікелей қатысты қоғамдық-саяси тақырыптағы мәселелерді өзектілендіру тәжірибесі қалыптасты.

    «Қазақстан Республикасының Тұңғыш Президенті – Елбасы Н.Ә. Назарбаев: мемлекеттік басқару стратегиясы және көшбасшылық феномені» ғылыми бағдарламасы Қазақстан Республикасы Тұңғыш Президенті Музейінің негізінде жүзеге асырылған зерттеулердің логикалық жалғасы болады.

      Бағдарламаны жүзеге асыру мерзімі – 2016-2018 жж.

      Бағдарламаның мақсаты қазақстан қоғамын әлеуметтік-саяси тұрғыдан жаңғырту үдерістерін, тәуелсіздік жылдарындағы республика дамуының заңдылықтары мен нәтижелерін, Н. Ә. Назарбаев тұлғасының табысты қалыптасуы мен дамуы факторларын, Қазақстан Республикасы Президенті көшбасшылығының феноменін зерделеу және жан-жақты зерттеу арқылы Қазақстан Республикасының Тұңғыш Президенті – Елбасы Н. Ә. Назарбаевтың өмірбаяны мен тәуелсіз мемлекетті нығайтудағы тарихи мұрасын одан әрі зерттеу болып табылады.

       Бағдарлама төрт жобадан тұрады.